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信号通路研究思路与方法
作者:管理员    发布于:2018-08-09 11:00:59    文字:【】【】【
摘要:信号通路真正研究起来可能确实比较复杂,但是信号通路的整体思路其实并不难理解;这里我们不谈具体的哪一条通路,只讲思路。

信号通路真正研究起来可能确实比较复杂,但是信号通路的整体思路其实并不难理解;这里我们不谈具体的哪一条通路,只讲思路。

首先你要知道自己研究信号通路的目的,是我的课题就是做信号通路研究,还是信号通路研究只是为了证明我实验结论的方法或手段之一(比如为了证明某个现象与通路有关);

如果是前一种的话需要在不同水平(核酸,蛋白,细胞甚至动物)非常详细的验证,如果只是后一种只需要用两个不同水平的实验(核酸/蛋白或细胞)得到一致性的结果即可;

一般研究信号通路的方法无非是加法(增强通路,主要用激活剂,促动剂,knock in)和减法(减弱通路,主要用抑制剂,siRNA或knock down或knock out等),最主要的方法还是小分子化合物(激活剂和抑制剂)以及siRNA的方法。至于哪一种方法更好,可以参考网上很多资料并结合自己的实验实际情况;

一般研究手段最常用的是q-PCR,western blot,另外在IP基础上延伸出来的Co-IP,ChIP等沉淀技术用的也是越来越多。因为这些技术能够证明直接的相互作用,而传统方法PCR或WB无法证明直接结合;还需要掌握的技术包括细胞培养包括一些功能试验(增殖,活力检测,凋亡等),或是根据特定实验目的而学习的实验(流式)等。

一般来说最常买的实际就是抗体和抑制剂,另外以及特殊的检测方法(ELISA,流式等),现在比较“高大上”的文献容易和seq结合,这个就是根据自己实际情况选择;

至于涉及到具体的那个通路,还是要看研究方向和研究目的,肿瘤,免疫,神经,自噬,凋亡等都有非常密切相关的通路,刚开始平台不高,可以针对几条重点通路进行实验技术和方法的验证还是有必要的,另外就是建议针对成熟的通路进行研究,否则story 无法自圆其说很是麻烦,另外最好参考相关文献将你要研究的信号通路的上下游能够打通,否则研究一半,找不到下游或上游结合蛋白也是很是麻烦。

举一个简单的例子,像2016年的Nobel 是autophage,一般来说是某种现象如营养不足或是营养充分的情况下会引起细胞autophage的变化,如果你做的是某个分子,希望和autophage相关,那么下游首先必须证明autophage的不同和你的分子表达水平密切相关,然后上游需要证明的是这个分子适合营养不足还是过度有关,最好能够结合到autophage中非常关键的通路上,如AMPK 通路与葡萄糖饥饿,如果上游无法证明这autophage具有密切相关的大家公认的通路上,这个文章很难说的很圆满,当然上述只是一个非常简单的举例,真正做的话,需要考虑以及参考的文献需要很多。

如果希望发IF>20文章,需要对通路进行非常细致的描述,基本上都会涉及到通量或是组学的筛选,以期发现新的分子进行研究,这种文章对创新点和难点都有一定的要求;

如果只是希望发IF<7的文章,涉及到信号通路的话,其实只需参考别人的文献在自己的课题上进行验证即可,这样的话文章整体的难度会显著降低。这也是为什么IF20的文章和IF6的文章看着图表的数量差不多,但是文章的档次却显著不同的原因。

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